在进攻大宰府的同时，忻都还派出一只小型舰队，前往长门海域，以牵制长门的守军，使其不敢救援大宰府。元军进攻长门的消息，震惊了镰仓幕府和京都。民心不稳，舆论惊慌，以致市中无米，民有饥色。谣言一个接着一个地传来：“元军占领九州、元军已从东海、北海入侵等等”。朝廷的公卿大臣尤为恐慌，在朝议中甚至有人主张迅速将朝廷迁往关东，招募武士浪人守卫京都等。后宇多天皇亲临神宫祈祷七昼夜，龟山上皇在清水神社祈祷，又派人去伊势神宫祝词：愿以身代国难。各王公大臣纷纷向寺、社献币、写经、诵经。

北九州镇西守护所得知元军进攻后，在镇西奉行少贰藤原经资率领下的守护部队立即前往救援。日军总指挥为藤原经资，大友赖泰作副手，在他们领导下，有藤原经资领导的“三前二岛”的御家人武士部队、大友的丰后武士部队、筑后守护北条宗政、肥后守护安达成宗的、以及岛津久经所率领的萨摩、大隅、日向三地的守护武士部队。参加第一线的战斗人员大约有四万余人，连藤原经资的父亲、八十四岁的入道觉惠都披甲上阵。此外，四国和中国地方部分御家人和武士，参加了九州的战争，宇都宫贞纲率领约六万中国地方的武士部队，作为后备军在必要时将前往筑前支援。

为了挽回军心士气，夜幕降临时，熟习近海作战的松浦党御家人草野次郎经永，率少数部下分乘小舟偷袭元军，纵火焚烧元军战船，乘元军慌乱之际斩首二十一级。这一果敢行动引诱了其他武士效法，偷袭元军彻夜不断。元军为预防偷袭，将大船调于外围，日军船小难以正面冲击。偷袭者至，元军以火炮强弩猛射，日本武士的小船非碎即穿，损失逐渐增加。日军统帅藤原经资见状下令，若无命令不准进行偷袭。

元军在大宰府经过短暂休整后，继续发动进攻，由于一连多日皆是晴天，打湿的火药得以晒干，元军的火炮又开始发威，每遇日军前攻，便先以火炮轰击，再以弓弩齐射，然后骑兵冲阵，日军根本无法抵挡，不过月余，九州全境便为元军攻占

九州失陷的消息震惊了日本全国，而忻都也为日军的强悍震动，在占领九州之后，他没有马上进攻四国和中国地方，而是派出了使者前往京都，晓谕日本统治者，要求其投降。但执权北条时宗不由分说，将元使斩首于镰仓龙口。消息传来，忻都等人百思不得其解。忻都愤怒之余，也打消了不战迫降日本的念头，专心的准备再次发动进攻，一举灭掉日本。

忻都等人对日本缺乏了解，并不知道，自古以来，决定日本与大陆外交走向的一直是朝权贵族，但是这一次，冒着激发战争的危险而坚持强硬政策的却是镰仓幕府年轻的执权北条时宗。蒙古国书送达日本的时期，镰仓幕府凭借承久之乱的胜利扫肃了国内的朝权势力，然后通过对三浦之乱的镇压消灭了幕府内部反对得宗的势力，建立起了以北条氏为中心的执权政治。北条时宗就任执权的时候，北条氏的专权达到了顶点，年轻的执权自信而专断，不肯在异国的威胁面前低头，更何况这种威胁的发端源自于当时日本人眼中的野蛮民族蒙古人那里。